A ORIGEM
Os primeiros registros de ocupação de Motuca são de 1892, com a construção da Estrada de Ferro Rincão/Bebedouro, pela Companhia Paulista de Estrada de Ferro. O local, abundante em recursos hídricos, recebia os condutores e suas boiadas vindos de regiões distantes, e o entroncamento da estrada de ferro com a estrada boiadeira era natural, porque tanto havia o descarregamento de boiadas, como o de café, produto que após percorrer um longo caminho até o porto de Santos, tinha como destino final o mercado europeu.

FUNDAÇÃO DO POVOADO
Como tantas outras áreas do Estado de São Paulo, Motuca teve seu período áureo com a cultura do café e a criação de gado. Por volta de 1908, houve o assentamento de imigrantes japoneses e portugueses que desenvolveram atividades ligadas ao setor hortifrutigranjeiro e à cafeicultura. Depois da década de 1950, houve a substituição das outras culturas pela cultura da cana-de-açúcar, que pouco a pouco foi tomando conta das pequenas fazendas e sítios, arrendando terras e atraindo o migrante nordestino para a área, constituindo assim um novo povoado. Desse período em diante, houve um lento desenvolvimento econômico e, apenas em 9 de janeiro de 1990, obteve a sua  autonomia político-administrativa.

ORIGEM DO NOME
A denominação do município (MOTUCA) provém de um tipo de mosca de mesmo nome, comum na região por causa da grande quantidade de água ali existente.

CRIAÇÃO DO DISTRITO
Em 31 de dezembro de 1925, através do Decreto Lei Estadual nº 2126, o povoado foi elevado à categoria de Distrito, criado com a denominação de Motuca, subordinado ao município de Araraquara.

CRIAÇÃO E EMANCIPAÇÃO DO MUNICÍPIO
Em 09 de janeiro de1990, através do Decreto Lei Estadual nº 6645, o Distrito é elevado à categoria de Município, com a denominação de Motuca, desmembrado do município de Araraquara. Sua instalação verificou se em 01 de janeiro de 1993.